Das Dekanat Flensburg im damaligen Bistum Osnabrück wurde am 1. Januar 1951 durch Teilung des Dekanates Schleswig in einen nördlichen und südlichen Konferenzbezirk errichtet. Den Südteil bildete das Dekanat Kiel, das 1961 nochmals in die Dekanate Kiel und Neumünster aufgeteilt wurde.
Die Grenzen des Dekanates Flensburg entsprachen grob denen des Landesteils Schleswig im Gebiet etwa nördlich von Eider und Schlei. Es umfasste die Stadt Flensburg sowie die Kreise Nordfriesland und Schleswig-Flensburg. Zum neu gegründeten Dekanat gehörten die Missionspfarreien Flensburg und Nordstrand, die Pfarreien Husum, Schleswig, Flensburg-Mürwik und Niebüll, die Kuratie Gelting sowie die Seelsorgebezirke Tönning (St. Peter-Ording), Süderbrarup, Kappeln, Wyk/Föhr, Westerland und Glücksburg. Nur vorübergehend bestanden die Seelsorgebezirke Bredstedt (1946 – 1956), Eggebek (1948 – 1954), Friedrichstadt (1945 – 1967), Kropp (1947 – 1956) und Sörup (1947 – 1957).

Künftig – nach der endgültigen Umsetzung der Strukturreform des Erzbistums Hamburg im Jahre 2005 – zählen zum Dekanat die Pfarreien Flensburg, Husum, Kappeln, Niebüll, Schleswig und Westerland mit ihren jeweiligen Filialkirchen. Zum bisherigen Dekanatsgebiet soll einmal die Pfarrei Eckernförde aus dem Dekanat Kiel hinzukommen.

Zum Dekanat gehören etwa 23.900 Katholiken.

Dechant des Dekanates Schleswig:
1931 – 1950 Msgr. Joseph Hellmann

Dechanten des Dekanates Flensburg:
1951 – 1959 Msgr. Joseph Hellmann
1959 – 1977 Carl Huisking
1977 – 1989 Peter Schmidt
1989 – 2006 Albert Sprock
2007 – 2011 Manfred Gehrmann

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